През 1982 г. излиза книгата му „Фашизмът“, която е забранена и спряна от разпространение, но е преведена на 10 езика.
През 1988 г. създава полулегалния Съюз за гласност и преустройство. До 10 ноември 1989 г. д-р Желю Желев е един от най-изявените дисиденти в България и е обект на преследвания.
Той е един от основателите на Съюза на демократичните сили (СДС) и пръв председател на неговия Координационен съвет.
През декември 1989 г. влиза като депутат в 7-то Велико народно събрание.
На 1 август 1990 г. д-р Желев е избран от ВНС за председател – президент на Република България.
През януари 1992 г. д-р Желю Желев става първият президент на България, избран демократично след свободни избори. Заема този пост до 1997 г.
Той е носител на наградата “Катерина Медичи”, присъдена му от Международната Академия “Медичи” (1991 г.); на международната награда с медал “За заслуги към Европа” (1993 г.) и на наградата “Преход”, разделена с Ицхак Рабин /посмъртно/, връчена в Кранс Монтана (1996 г.).
Носител е на най-високото държавно отличие орден „Стара планина“ -първа степен, както и на множество академични и държавни награди.
Заедно с това д-р Желев е удостоен с най-високите държавни отличия на Франция, Испания, Португалия и Венецуела. Той е почетен член е на Ротъри клуб – Ню Йорк.